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电子显微镜的种类是非常齐全的，按照原理、功能性、使用方法等各方面的不同，还可以将它划分为许多类型，比如扫描电子显微镜、透射电子显微镜、反射电子显微镜、发射电子显微镜，这几种类型的显微镜适合应用的环境自然是不一样的。
扫描电子显微镜：这一款产品的体积相对较小，电子束并不需要穿过样品，主要特点就是能够让电子束聚集在样品的一小块范围之内，同时还可以一点一点地进行样本的扫描，对于扫描工作可以高效落实，扫描的速度较快，效率较高。从原理方面上来看，它与工业电视机拥有异曲同工之处，在整个扫描过程当中，电子加速的电压不会要求特别高，所以可以保证各项工作的顺利进行。扫描电子显微镜的最大特点就是能够立体成像，同时清晰度较高，它可以从根本上反映出样品的表面结构，如果想要将其放大许多倍的话，那么成像的质量也同样不会出现任何的问题，不管是亮度还是清晰程度，都没有任何问题。
透射电子显微镜：这款产品可以直接得到一个样品的投影，但是对于样品方面提出了较高的要求，因为需要使用电子书，将样品彻底穿透，所以样品必须非常薄，如果样品的厚度不符合要求的话，那么在进行药品穿透的时候，就有可能会出现问题。样品太厚或者厚度不均匀，那么呈现出来的图像可能会显得非常暗淡，整个图像的对比度也会受到影响。
如今的电子显微镜的确能够被划分为多种类型，其中一种就包括了扫描电子显微镜，扫描电子显微镜是应用效率相对较高的一款产品，它可以被应用上许多年，清晰成像不在话下，而且这款显微镜可以高度还原样品的表面模样，成像效果理想。
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